根據(jù)國家稅務(wù)總局公告2025年第1號結(jié)合匯總納稅企業(yè)申報情況，優(yōu)化總分機構(gòu)分攤稅款計算方法，并對《跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)年度分攤企業(yè)所得稅明細表》(A109000)及《企業(yè)所得稅匯總納稅分支機構(gòu)所得稅分配表》(A109010)的表樣和填報說明進行調(diào)整。按照調(diào)整后的規(guī)則，企業(yè)先對全年應納稅款進行分攤，再由總、分機構(gòu)分別抵減其已分攤預繳稅款，并計算本年應補退稅金額。

根據(jù)《國家稅務(wù)總局關(guān)于<印發(fā)跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》(國家稅務(wù)總局公告2012年第57號)第五條規(guī)定：當年撤銷的二級分支機構(gòu)，自辦理注銷稅務(wù)登記之日所屬企業(yè)所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業(yè)所得稅。

那么，當年度內(nèi)發(fā)生二級分支機構(gòu)注銷情形，補稅情況較之前是否會發(fā)生變化，或?qū)е露嗬U納稅款呢?

【案例】甲公司是2023年在北京市注冊成立的企業(yè)，不屬于小型微利企業(yè)。甲公司分別在山東省、天津市、河北省設(shè)立了分支機構(gòu)A、B、C。2024年，甲企業(yè)全年預繳了250萬元，其中，總機構(gòu)預繳了125萬元，A、B和C按照50%、30%、20%的分攤比例，分別預繳了62.5萬元、37.5萬元、25萬元。甲公司2024年度匯繳應納稅額300萬元，其中2024年10月B分支機構(gòu)注銷，A的分配比例是70%，C的分配比例是30%。

1.原計算方法

第一步，整體計算企業(yè)本年應補(退)稅額。

甲企業(yè)應補(退)稅額：300-250=50萬元

第二步，根據(jù)分攤比例分別計算總分機構(gòu)應補退稅額。

總機構(gòu)應補(退)稅額：50×50%=25萬元

分支機構(gòu)A應補(退)稅額：50×50%×70%=17.5萬元

分支機構(gòu)C應補(退)稅額：50×50%×30%=7.5萬元

2.新計算方法

第一步，根據(jù)分攤比例計算總分機構(gòu)全年實際應納所得稅額。

甲企業(yè)：300萬元

總機構(gòu)：300×50%=150萬元

分支機構(gòu)A：300×50%×70%=105萬元

分支機構(gòu)B：300×50%×0%=0萬元

分支機構(gòu)C：300×50%×30%=45萬元

第二步，計算總分機構(gòu)分攤應補(退)所得稅額。

總機構(gòu)應補(退)稅額：150-125=25萬元

分支機構(gòu)A應補(退)稅額：105-62.5=42.5萬元

分支機構(gòu)B應補(退)稅額：0-37.5=-37.5萬元

分支機構(gòu)C應補(退)稅額：45-25=20萬元

案例中，由于分支機構(gòu)B在預繳環(huán)節(jié)已經(jīng)注銷，按新計算方法計算后，分支機構(gòu)A在匯算清繳時應補稅42.5萬元，分支機構(gòu)C應補稅20萬元，導致分支機構(gòu)合計補稅的稅款大于實際應補稅款25萬元。只有將分支機構(gòu)預繳期間的稅款返還給公司，公司預繳稅款才等于實際應預繳稅款。但是分支機構(gòu)B已經(jīng)注銷，如何將稅款退還，實操如何進行，建議國稅總局提供后續(xù)具體指引。

建議可在分支機構(gòu)B注銷環(huán)節(jié)，主管稅務(wù)局將預繳的企業(yè)所得稅就返還至分支機構(gòu)的稅款戶中。

（作者及單位：紅塔證券股份有限公司  資金財務(wù)部  張艷萍）